Dr. Bashir packt seine Sachen auf der Krankenstation. Eine Reise zur medizinischen Konferenz nach Casperia Prime steht bevor, allerdings muss Bashir vorher noch Chief O'Brien behandeln, der sich beim Kanufahren in der Holosuite die Schulter ausgerenkt hat. Er wird in nächster Zeit noch Schmerzen haben, nach Bashirs Hilfe. Am nächsten Morgen bereitet sich ein sehr müder Bashir auf die Abreise vor, wird aber noch zur Ops zu den anderen leitenden Offizieren gerufen: Direktor Sloan von der internen Sicherheit der Sternenflotte stattet Sisko einen Besuch ab - es gibt ein Sicherheitsleck auf der Station. Alle Offiziere müssen in ihren Quartieren bleiben, Bashirs Reise ist gestrichen.

Als Julian zu Sloan gerufen wird, herrscht eine hektische und düstere Atmosphäre auf den Korridoren, allerdings zeigt sich Sloan sehr freundlich und spricht ganz normal mit dem Arzt über seine Internierung im Gefangenenlager des Dominion oder seine Arbeit mit den genetisch Aufgewerteten. Zurück in seinem Quartier bemerkt Bashir dann, dass sein Teddy anders liegt und seine Sachen durchsucht wurden. Als O'Brien sich meldet sagt er, sie hätten ihn zwei Stunden nur über Bashir ausgequetscht. Prompt wird Julien wieder zu Sloan gerufen und ein Verhör beginnt: Sloan erklärt Bashir, dass er für das Dominion arbeite, da sie ihn in der Gefangenschaft gebrochen und ihm außerdem die Flucht erleichtert hätten. Bashir besitze eine Engramatische Dissoziation, sodass er infolge einer Gehirnwäsche nicht wisse, dass er ein Spion sei. Bashir bleibt stur und erklärt, dass er nichts damit zu tun habe, daraufhin lässt ihn Sloan in Handschellen über das Promenadendeck abführen. In Odos Büro trifft man nur Sloans Leute, Bashir kommt in eine Zelle. Ein sehr verärgerter Sisko besucht Bashir, will ihn aus der Zelle holen. Er erzählt, dass Sloan durch das Dominion einen Sohn verloren hätte und er deshalb fanatisch einen Spion suche. Sloan tritt hinzu und beide Captains diskutieren über Bashirs Behandlung: Sisko setzt sich durch, er wird bei jedem Verhör nun anwesend sein.

Sloan packt im Verhör nun alle besonderen Geschichten von Bashir aus: Wie er die Jem'Hadar damals von der Ketracel-White-Sucht bei Merik III losbekommen wollte, angebliche Sympathien für das Dominion, seine Kapitulationspläne für den Krieg oder seine Lebenslüge, nämlich die genetische Aufwertung, die erst vor Kurzem enttarnt wurde.

Zurück in der Zelle gibt Sisko zu, dass er unsicher ist was Bashir angeht, der Doktor selbst resigniert schon langsam, da sich Sloan festgebissen hat. Später kommt der Direktor und bietet Bashir ein falsches Geständnis an, andernfalls wird er in eine Hochsicherheitszelle auf Sternenbasis 53 gebracht. Plötzlich beamt Bashir hinaus und findet sich auf einem cardassianischen Schiff wieder, wo er von Weyoun begrüßt wird. Dieser erklärt, Bashir sei ein Spion und er könne sich anfangs nie an die Treffen der beiden erinnern. Bashirs Motivation sei moralisch; er hätte eingesehen, dass durch die Niederlage im Krieg die meisten Menschen gerettet werden könnten, immerhin sei ihm das wichtig, da er Arzt sei. Bashir kann trotz Weyouns Überredungsversuchen nicht akzeptieren, dass er ein Spion sein soll. Vielmehr wird ihm nun klar, dass Weyoun und Sloan Hand in Hand arbeiten, als Sisko mit der Defiant die Entführer angreift und Julian durch Worf und Kira an Bord der Defiant geholt wird.

Auf der Brücke glaubt Sisko Bashir jedoch nicht und hält ihn für einen Verräter, er will ihn von der Brücke verweisen. Bashir wendet sich erfolglos an Jadzia, dann an O'Brien, der ihn mit dem Arm abwehrt. Da fällt Bashir auf, dass O'Brien keine Schmerzen mehr im Arm hat und testet ihn, der prompt auf Bashirs Falle hereinfällt. Jetzt merkt Bashir, dass er in einem Holodeck ist und die Umgebung enttarnt sich und Sloan kommt auf ihn zu. Nach der Entfernung eines Implantats, das Bashirs Gedanken überwachte, gibt Sloan zu, dass dies ein Test für Bashir war: Er arbeitet nicht im internen Bereich der Sternenflotte, sondern in einem autonomen Geheimbund der Sternenflotte namens "Sektion 31", der nicht bekannt ist und sich Niemandem verantworten muss. Gefahren der Sternenflotte würden einfach unauffällig ohne Zustimmung des Rates entfernt. Bashir soll nun rekrutiert werden, seine Loyalität wurde in Stresssituation getestet. Bashir lehnt dankend ab, da ihm eine Organisation, die sich nicht an die Gewaltenteilung hält und so wie diese arbeitet, suspekt ist, da sie wichtige Prinzipien der Föderation missachtet. Der Doktor ist der Meinung, dass das Ziel nicht die Mittel rechtfertigt. Sloan entgegnet, dass man ihn kontaktieren wird, er solle es sich überlegen, danach wird Julian betäubt.

Zurück auf DS9 erzählt er es Sisko und Co., die dachten, dass Bashir auf der Konferenz ist. Laut Siskos Recherchen scheint die Sternenflotte Sektion 31 zu vertuschen und er schätzt die Organisation als gefährlich ein: Er gibt Bashir den Befehl, das nächste Angebot von Sektion 31 zum Schein anzunehmen, um als Spion der DS9-Crew zu arbeiten.

Nachdem wir Bashir als Spion schon auf dem Holodeck in der Folge "Unser Mann Bashir" bewundern konnten, übernimmt der überragende Doktor in dieser Folge beinahe die Rolle des echten Geheimagenten.

Damit wären wir auch bei der sehr guten Handlung, die die "Eins" verdient hat: "Inquisition" versteht es, den Zuschauer mit Bashir sympathisieren zu lassen, denn man sieht auch eine ganze Menge seines Privatlebens, als er sich beispielsweise anfangs auf die Reise zur Konferenz vorbereitet. Mit allen Sympathien auf seiner Seite fühlt man mit ihm mit, als Sloan seine Verhöre anwendet. Man leidet regelrecht, als Sisko und Co., die Bashir vorher vehement verteidigt haben, langsam den Glauben verlieren. Gepaart mit Sloans Hinweisen auf Bashirs "zwielichtige" Taten in der Vergangenheit und schließlich Weyouns Auftritt fragt man sich wirklich, was es mit Julien auf sich hat, wo er doch schon zweimal als Agent ersetzt wurde, man denke da an "Der Widersacher" oder an "Im Licht des Infernos". Julian jedoch bleibt konsequent bei seiner Meinung, obwohl er bei Weyouns Gerede sich die eine oder andere Unsicherheit anmerken lässt, was sowohl die Tiefe des Charakters als auch die tolle Leistung von Alexander Siddig zeigt. Doch seine Loyalität gilt dann immer der Sternenflotte, was für Sloan das Bestehen des Tests bedeutet. Auf der anderen Seite verhindert diese Loyalität zur Föderation und ihren Gesetzen schließlich auch die Rekrutierung des Arztes bei Sektion 31, was die richtige Entscheidung seitens Bashirs ist, da gerade sein Glaube an die Ideale der Föderation ihn stark gemacht hat. Es ist einfach nicht richtig, diese Föderation durch Brechen ihrer Prinzipien zu schützen, es muss andere Mittel geben.

Das ist auch das Stichwort, um genauer auf "Sektion 31" einzugehen: Schockierend, dass die Föderation einen solchen autonomen Geheimbund hat, der die Ideale der so sauberen Sternenflotte missachtet. Kein Wunder, dass Sisko an der Enttarnung der Organisation interessiert ist, die von einem brillanten Kopf gelenkt wird. Damit ist kein geringerer als Sloan gemeint, der genial von William Sadler, bekannt aus Hollywoodstreifen wie "Die Verurteilten" oder "Stirb Langsam 2", dargestellt wird. Er gibt dem Geheimbund die richtige, unsympathische Note.

Der andere Höhepunkt der Folge ist mal wieder ein toller Bashir: Diese Star Trek-Figur hat sich während einer Serie sichtlich und nachvollziehbar weiterentwickelt. Aus dem nervtötenden Grünschnabel ist durch Freundschaft mit O'Brien, die Härte des Krieges und seine Enttarnung ein nachdenklicher, gestandener und moralischer Arzt geworden, der einfach sympathisch ist und jegliche Arroganz verloren hat, die ihm viele unterstellen. Diese Folge ist, wie einige Bashir-Folgen in der fünften Staffel, eine Weiterentwicklung des großen Potenzials des Doktors, das hier durch seinen ethisch-moralischen Anspruch zwar keine berufliche, doch eine moralische Verbesserung durch die Ablehnung des Sektion 31-Postens erfährt. Einfach nur eine gelungene und tolle Charakterskizze des Arztes, die sich hier zeigt.

Die Spannung in dieser Folge ist auch vom Feinsten, um es einmal salopp zu formulieren: Bereits nachdem Bashir am Anfang der Folge eingeschlafen ist, wird er entführt und wie man später von Sloan erfährt, kurz danach geweckt, was seine starke Müdigkeit erklärt. Bis zum Ende hin tappt der Zuschauer mit Julien im Dunkeln; dass mit ihm wie mit der Ratte im Käfig ein Experiment durchgeführt wurde, wirkt täuschend echt. Und das ist es gerade, was den Reiz an dieser Episode ausmacht, die ungewöhnliche Handlungsstruktur, die Bashir glänzen lässt.

Die Spezialeffekte sind von gewohnter Qualität, allerdings auch nur solide und mäßig spektakulär, trotzdem recht ordentlich, was eben eine mittelmäßige Benotung nach sich zieht.

Alles in allem eine geniale Folge mit Bashir und der Einführung der Sektion 31, die ein "Sehr gut" verdient.

• Sloan spielt auf diverse Episoden an: In "Der hippokratische Eid" versucht Bashir die Jem'Hadar von Ketracel-White zu befreien, in "Dr. Bashirs Geheimnis" fliegt seine Tarnung als genetisch Aufgewerteter auf, in "Schatten der Hölle" ist er mit Worf, Garak, Martok sowie Tain interniert und in "Statistische Wahrscheinlichkeiten" analysiert er mit dem "Jack-Pack" den Verlauf des Krieges.
• "Sektion 31" und Sloan trifft man in "Unter den Waffen schweigen die Gesetze" sowie in "Extreme Maßnahmen" wieder.