Die Defiant wurde von der Sternenflotte losgeschickt, um eine merkwürdige Raumanomalie zu untersuchen. Die Raumanomalie verkleinert alle sich in ihr befindliche Materie. Dax, Bashir und O'Brien fliegen mit dem Runabout Rubicon in die Anomalie und werden dabei ebenfalls verkleinert. Die Defiant koppelt die Rubicon mit dem Traktorstrahl an sich, damit die 3 Crewmitglieder wieder unversehrt aus der Anomalie kommen können.

Plötzlich wird die Defiant von einem Jem'Hadar-Schiff angegriffen. Der Traktorstrahl zur Rubicon reißt ab. Die Defiant kann die Schilde nicht rechtzeitig hochfahren, bevor sie von den Jem'Hadar schwer getroffen wird. Die Defiant wird geentert und schon nach kurzer Zeit steht das Schiff unter dem Kommando des Dominion. Dies war die erste Mission, die von den neuen Alpha-Jem'Hadar ausgeführt wurde. Nachdem der Nachschub an Jem'Hadar durch das Wurmloch ausblieb, wurden die Alpha-Jem'Hadar im Alpha-Quadranten gezüchtet. Der Zweite Jem'Hadar an Bord ist ein Gamma-Jem'Hadar. Er hatte zunächst das Kommando über das Schiff, wurde jedoch zurückgestuft, da die DNA der Alphas speziell für den Kampf in diesem Quadranten ausgelegt ist. Die Crew der Defiant wird arrestiert. Das Jem'Hadar-Schiff fliegt wieder in den Raum des Dominion.

Die Rubicon konnte sich inzwischen aus der Anomalie befreien und fliegt nun in Richtung der Defiant, um herauszufinden was vorgefallen ist. Als sie die Defiant erreicht, müssen die Drei erstaunt feststellen, dass sie immer noch nur Miniaturgröße haben. Dax kann sich dies nur so erklären, dass sie die Anomalie nicht auf demselben Weg verlassen haben, wie sie reingeflogen sind und deswegen nicht wieder zu normaler Größe gewachsen sind. Da die Kommunikation der Rubicon ausgefallen ist, beschließen Dax, O'Brien und Bashir mit dem Runabout durch eines der Plasmarohre in die Defiant zu fliegen um nachzusehen, was passiert ist.

Die Jem'Hadar versuchen die Defiant zu reparieren. Vor allem der Warpantrieb ist schwer beschädigt. Da die Jem'Hadar keine Ahnung von der Sternenflottentechnik haben, entscheidet der Erste, gegen den Rat seines Stellvertreters, die Hilfe von Sisko in Anspruch zu nehmen. Sisko ist zuerst nicht gewillt den Jem'Hadar zu helfen, doch dann droht der Erste Siskos Crew hinrichten zu lassen. Der Captain willigt ein den Jem'Hadar zu helfen, wenn er die Hilfe von seinen Brückenoffizieren Kira, Worf und Nog erhält. Der Erste stimmt zu. Der Zweite hingegen ist immer noch der Meinung, dass Sisko die Jem'Hadar hinters Licht führen will. Sisko lässt tatsächlich nur Kira an der Reparatur des Warpantriebs arbeiten. Die anderen sind damit beschäftigt, die Kommandofunktionen des Schiffes in den Maschinenraum zu transferieren und somit wieder die Kontrolle über das Schiff zu erlangen. Nog ist dabei der Schlüssel. Er versucht die Sicherheitssperren zu umgehen und die Kommandofunktionen umzuleiten, was aber bei den Sicherheitsvorkehrungen der Defiant nicht einfach ist.

Inwischen haben es Dax, O'Brien und Bashir mit der geschrumpften Rubicon in das Schiff geschafft. Sie landen im Maschinenraum und verstecken sich dort. Schnell durchschauen sie Siskos Plan und wollen ihm helfen. Dazu müssen sie jedoch auf die Brücke, wofür sie solange warten müssen, bis jemand durch die Tür des Maschinenraums geht und diese für sie öffnet.

Als sie es endlich auf die Brücke geschafft haben, können sie Nog die nötige Hilfeleistung geben, doch nichts passiert. Bevor Sisko klar wird, dass er wieder die Kontrolle hat, wird er zusammen mit den anderen vom Zweiten der Jem'Hadar enttarnt. Dieser hat Siskos Vorgehen durchschaut und lässt den Ersten kommen. Die Rubicon hat inzwischen wieder den Maschinenraum erreicht und kann dort für genügend Verwirrung sorgen, damit Sisko und die anderen die Oberhand über die Jem'Hadar gewinnen. Danach lässt Sisko den Rest des Schiffes mit Betäubungsgas fluten und die ohnmächtigen Jem'Hadar einsperren. Die Rubicon wird zurück in die Anomalie geschickt und wieder zu alter Größe transformiert.

"Das winzige Raumschiff" ist eine kurzweilige und unterhaltsame Action-Folge, die einen 45 Minuten vor den Bildschirm fesseln kann, an die man aber keine besonderen Ansprüche bezüglich Tiefgang und Hintergründigkeit stellen sollte.

Der Plot wirkt zunächst wenig vielversprechend. Die klassische Rückeroberungs-Geschichte scheint hier mit einem 0815-Technophänomen kombiniert worden zu sein. Doch die Autoren zeigen wieder einmal, dass sie es inzwischen verstehen, auch aus einer wenig überzeugenden Grundidee eine tolle und spannende Episode zu machen. Dies liegt vor allem am flüssigen Erzählstil, dem gelungenen Humor und den gut umgesetzten Actionsequenzen. Selbst die Autoren Weddle und Thompson, die erst seit Staffel 5 dabei sind, kennen inzwischen ihre Charaktere und wissen, wie sie sie einzusetzen haben, um Spannung und Witz zu erzeugen. So verdankt die Folge ihre Kurzweiligkeit unter anderem auch der gut in Szene gesetzten, sympathischen DS9-Crew, die hier eine ihrer wenigen Ensemble-Episoden bestreitet.

Besonders gelungen ist der Humor der Episode. Die Handlung wird mit viel Witz absolviert und trägt damit dazu bei, dass der unglaubwürdige Plot nicht zu sehr in den Mittelpunkt rückt und man alles nicht zu ernst nimmt.

Zum ersten Mal erfährt man hier, dass das Dominion seit der Vernichtung der Jem'Hadar-Flotte im Wurmloch in 6.06: Sieg oder Niederlage? damit begonnen hat, Jem'Hadar im Alphaquadranten zu züchten. Diese Jem'Hadar werden zur Unterscheidung von den anderen Jem'Hadar nur kurz Alphas genannt, während die anderen Gammas heißen. Man erfährt außerdem, dass die DNA der Alphas speziell für den Kampf im Alpha-Quadranten ausgelegt ist. Deswegen wurden auch die Führungspositionen bei den Jem'Hadar mit den neuen Alphas besetzt. Der Konflikt zwischen den beiden Jem'Hadar-Völkern wirkt nachvollziehbar und spannend. Leider verliert er gegen Ende der Episode seine Bedeutung. Das Drehbuch lässt vermuten, dass man zunächst vorhatte, Sisko die beiden Jem'Hadar-Gruppen gegeneinander aufhetzen zu lassen. Diese begonnene Handlung scheint man am Ende jedoch fast völlig zu vergessen. So verläuft die Rückeroberung insgesamt auch etwas zu unspektakulär und die Ausschaltung der Jem'Hadar wirkt wenig originell. Besser wäre es vielleicht gewesen, wenn man Siskos Versuche, einen Keil zwischen die Eroberer zu treiben, weitergeführt hätte. Allerdings hätte man hierbei die verkleinerte Rubicon schwer in die Handlung mit einbeziehen können.

Die Jem'Hadar, die die Defiant erobert haben, machen alle nicht unbedingt den intelligentesten Eindruck. Der Erste der Jem'Hadar, Kudak'Etan, verhält sich von Anfang an sehr blauäugig, vor allem als er Sisko zur Reparatur des Warpantriebs ausgerechnet seine 3 Brückenoffiziere zur Seite stellt und ihn damit regelrecht dazu herausfordert Rückeroberungspläne zu schmieden.
Dieses Geschenk wird von Sisko dann auch dankbar angenommen. Im Maschinenraum basteln er, Kira, Worf und Nog an den Schiffssystemen herum und machen dabei keinen großen Hehl daraus, dass sie versuchen, das Schiff zurückzuholen. Doch obwohl diese Versuche recht offensichtlich sind, bekommen die Jem'Hadar im Maschinenraum davon lange Zeit nicht viel mit.
Am Ende lassen sich die Jem'Hadar dann auch noch ohne viel (effektive) Gegenwehr über den Haufen schießen. Sie mögen ja gute Krieger sein, zu den intelligentesten Zeitgenossen scheinen sie jedoch nicht zu gehören.

Die Unterschiede zwischen den Alphas und den Gammas wurden später nicht mehr erwähnt. Die Produzenten meinten dazu, dass sich einfach keine Gelegenheit ergab, um die Unterschiede noch einmal aufzugreifen.

Der typische Rückeroberungsplot wurde hier zum ersten Mal für Deep Space Nine aufgegriffen. Bereits in den TNG-Folgen 6.07: Erwachsene Kinder und 6.18: In der Hand von Terroristen, sowie der Voyager-Doppelfolge 2.22 + 3.01: Der Kampf ums Dasein mussten die verschiedenen Sternenflottencrews ihr Schiff zurückerobern.

Der ausgesprochen unglaubwürdige Plot um die Anomalie der Woche, die alle Materie in ihr verkleinert, wirkt wie so oft bei DS9 ziemlich aus dem Hut gezaubert. Trotz der Erklärung von Worf, dass die Effekte der Anomalie für Transwarpkanäle verwendet werden könnten, die der Föderation im Dominionkrieg einen großen taktischen Vorteil bescheren würden, wirkt es auch wieder wenig glaubwürdig, dass sich die Defiant mitten im Krieg um eine solche wissenschaftliche Mission kümmern muss.

Neben der kurzweiligen Handlung ist "Das winzige Raumschiff" dank der hervorragenden Arbeit der Special Effects-Abteilung auch optisch ein absoluter Leckerbissen. Die Effekte mit dem verkleinerten Runabout, welches sich im Innern der Defiant bewegt, waren exzellent gemacht und in der fertigen Episode keineswegs als solche zu erkennen. Besonders viel Zeit und Geld wurde bei dieser Folge in die Details investiert, zum Beispiel in Schatten, die das kleine Runabout auf den Wänden der Defiant wirft. Selbst Spiegelungen des Runabouts in den Konsolen der Defiant wurden berücksichtigt. Gelungen waren auch die Reaktionen der Schauspieler auf ein Runabout, welches bei den Dreharbeiten in Wirklichkeit natürlich gar nicht da war. Eine exzellente Arbeit der Effektemacher also, die nur eine Wertung von 6 Punkten zulässt.

Belohnt wurde die Arbeit der Special Effects-Abteilung 1998 mit einer Emmy-Nominierung in der Kategorie "Outstanding Special Visual Effects for a Series".

Die Verkleinerung irgendwelcher Gegenstände oder Personen ist ein Klassiker in der Science Fiction, wurde aber bislang nur in leichten Variationen in Star Trek behandelt (zum Beispiel in der TNG-Folge 6.10: Erwachsende Kinder, in der 4 Crewmitglieder der Enterprise verjüngt werden). Dabei gab es die Idee zu dieser Episode schon zu Zeiten von "The Next Generation". Sie stammte von René Echevarria. Dieser musste jedoch bei einer seiner ersten Ideen für Star Trek feststellen, dass die Produzenten bei derartigen Einfällen sehr vorsichtig waren. Natürlich wurde bei der Verkleinerung von Personen, die in der Science Fiction eh schon stark geforderte Phantasie des Zuschauers arg strapaziert und eine derartige Idee für ein Drehbuch in den falschen Autorenhänden hätte leicht in einer völlig unglaubwürdigen und schlechten Science Fiction-Parodie enden können, wie Jahrzehnte zuvor die Idee, einem uns wohl bekannten Vulkanier das Gehirn zu entnehmen und es später wieder operativ einzusetzen. So stieß Echevarrias Idee bei den TNG-Machern auf wenig Gegenliebe. Auch ein Versuch, die Story bei DS9 unterzubringen scheiterte zunächst. Erst als sich Voyager-Produzent Brannon Braga für die Idee begeistern konnte, kam erneut Leben in die Geschichte. Bragas Wunsch, die Idee für Voyager zu verwirklichen, scheiterte am Einspruch von Rick Berman, der sie für schlecht hielt. Als jedoch auch noch Hans Beimler dafür begeistert werden konnte, schafften es Echevarria und Beimler gemeinsam, das Autorenteam von DS9 von der Idee zu überzeugen.

Das Drehbuch zu "Das winzige Raumschiff" schrieben Bradley Thompson und David Weddle, die damit erst ihren 2. Beitrag zur 6. DS9-Staffel ablieferten.
Regie führte wieder einmal Stammregisseur Allan Kroeker.

Wie überflüssig der wissenschaftliche Berater bei Star Trek oft ist, zeigt "Das winzige Raumschiff" ganz gut. André Bormanis, der diesen Posten bei DS9 und bei Voyager innehatte (und der zu dieser Zeit schon längst wegen Unterbeschäftigung dazu übergegangen war für "Star Trek - Voyager" selbst Drehbücher zu schreiben) hatte hier seit langer Zeit wieder einmal etwas zu tun. Die Autoren beauftragten ihn damit, eine wissenschaftliche Theorie zu finden, nach der die Verkleinerung von Personen möglich wäre. Bormanis fand daraufhin tatsächlich eine wissenschaftliche Theorie, nach der dies möglich wäre. Letztlich entschieden sich die Autoren jedoch dafür, es auf die Vorstellungskraft des Zuschauers ankommen zu lassen, antstatt diesen mit seitenlangen wissenschaftlichen Erklärungen zu langweilen. So fand nur ein sehr kleiner Teil von Bormanis' Arbeit den Weg in die fertige Episode.

Insgesamt handelt es sich bei "Das winzige Raumschiff" um die Art von Action-Folge ohne viel Tiefgang, die auf keinen Fall einen Platz in irgendeiner "Best of Star Trek"-Liste bekommen wird, die aber dank ihres hohen Spaßfaktors trotzdem für 45 Minuten beste und kurzweiligste Unterhaltung sorgt und die man auf keinen Fall verpassen sollte.

Der Erste der Jem'Hadar, Kudak'Etan, benennt gegenüber Sisko den Grund für seine Existenz mit dessen Eingreifen im Wurmloch in der Folge 6.06: Sieg oder Niederlage?, mit dem Sisko den Nachschub der Dominionflotte aus dem Gammaquadranten stoppte.

Aron Eisenberg ist in dieser Folge zum 32. Mal als Nog dabei. Sein letzter Auftritt war in 6.10: Der glorreiche Ferengi. Das nächste Mal ist Nog in 6.22: Valiant zu sehen.

Leland Crooke ist auch in der nächsten Folge 6.15: Ehre unter Dieben noch einmal in der Rolle des Vorta Gelnon zu sehen.

Fritz Sperberg spielt nicht nur den Zweiten der Jem'Hadar Ixtana'Rax in dieser Folge, sondern auch Ranek in der Voyager-Folge 7.07: Körper und Seele.