Cpt. Janeway und der Doktor befinden sich mit dem Delta Flyer auf dem Rückweg von einem medizinischen Symposium. Nur wenige Stunden, bevor sie die Voyager erreichen, geraten sie plötzlich in einen Subraumwirbel.

Schwer beschädigt kommt der Flyer kurze Zeit später bei der Voyager an und Cpt. Janeway berichtet von den R'Kaal, einem mächtigen Volk, dem ein riesiges Gebiet des Quadranten gehört. Die R'Kaal dulden keinen Warpflug in ihrem Gebiet, jedoch befindet sich die Voyager bereits seit drei Wochen innerhalb ihrer Grenzen. Eigentlich verlangt ihre Rechtssprechung die sofortige Stilllegung des Schiffs, jedoch konnte Janeway einen Kompromiss aushandeln.

Die Voyager soll sich mit der Armada der Fremden treffen, den Warpkern übergeben und sich anschließend auf einem nahen Klasse-M-Planeten niederlassen. Chakotay ist entrüstet und versucht, dem Captain Alternativen vorzuschlagen. Janeway stellt sich jedoch stur, verlangt absolute Verschwiegenheit und lässt einen Kurs in Richtung R'Kaal-Flotte setzen.

Als Cpt. Janeway kurz daraufhin B'Elanna befiehlt, den Flyer so zu modifizieren, dass er bei Warpgeschwindigkeit den Warpkern mit dem Traktorstrahl erfassen kann, wird Chakotay misstrauisch. Als er sich mit Janeway darüber unterhält, zeigen sich Auffälligkeiten in ihrem Verhalten und sie verlässt kurzerhand die Brücke.

Chakotay wird nervös und bittet den Doktor um eine Untersuchung des Captains. Dieser kann jedoch keine Anomalien feststellen. Als kurz darauf ein Vertreter des R'Kaal-Imperiums Kontakt aufnimmt und ein Ultimatum zum Aussetzen des Warpkerns stellt, trifft sich Chakotay mit Janeway in ihrem Quartier. Er stellt dem Captain während des Gesprächs anhand einer erfundenen Begebenheit eine Falle. Als er erkennt, dass es sich nicht um Cpt. Janeway handeln kann, kommt es zum Kampf. Mit außergewöhnlicher Körperkraft kann die falsche Janeway ihren Ersten betäuben.

Sie versteckt Chakotay in der Leichenkammer und begibt sich auf die Krankenstation. Dort betätigt die vermeintliche Janeway den mobilen Emitter und es stellt sich heraus, dass es sich um den Doktor handelt.

Er nimmt Kontakt zu zwei Abtrünnigen der so genannten Hierarchie auf, die Cpt. Janeway gefangen halten. Die Abtrünnigen verlangen den Warpkern, andernfalls wollen sie den Captain töten. Obwohl sie dem Doktor befiehlt, Kontakt mit der Crew aufzunehmen, lehnt dieser das ab, um sie nicht zu gefährden.

Als Chakotay von Tuvok zur Shuttlerampe gerufen wird, lädt der Doktor die holografischen Daten des Commanders in sein Programm und übernimmt nun ebenfalls diese Rolle. Da die beiden Entführer auch einige der bioneuralen Gelpacks wollen, muss er sich zudem noch als Lt. Torres ausgeben, um an zwei Ersatzpacks zu gelangen.

Als Harry jedoch entdeckt, dass die Nachricht der R'Kaal holografischer Natur ist und es sich bei dem Vertreter der R'Kaal offenbar um den Doktor handelt, wird auch er betäubt und in der Leichenhalle verstaut.

Auf der Krankenstation wird der Doktor kurz darauf von Tuvok aufgesucht, dem die Zugriffe des Doktors auf die holografische Datenbank aufgefallen sind. Der Versuch, auch den Vulkanier zu betäuben, scheitert. Im letzten Moment kann der Doktor mit dem mobilen Emitter aus der Krankenstation fliehen.

Tuvok ruft Sicherheitsalarm aus, jedoch hat der Doc seine Matrix maskiert, so dass er nicht von den internen Sensoren erfasst wird. Im Maschinenraum täuscht er als Chakotay B'Elanna, aktiviert das Notfall-Kommando-Hologramm und stößt den Warpkern aus. Auf seiner Flucht zur Shuttlerampe kann er Tuvok überrumpeln und mit dem Flyer samt Warpkern entkommen.

Er trifft sich mit dem Hierarchie-Schiff, jedoch beamt der Anführer der beiden Abtrünnigen außer dem Warpkern auch den Doktor auf das Schiff. Er hat vor, den Captain auf einem Planeten auszusetzen und den Doktor umzuprogrammieren und selbst zu nutzen.

Zwischenzeitlich treibt die Voyager ohne Hauptenergie im All und die fehlenden Crewmitglieder werden gefunden. Als es B'Elanna gelingt, die Impulsreaktoren wieder zu starten, erklingt auf allen Com-Frequenzen eine Melodie. Seven entdeckt, eingebettet in der Übertragung, eine Tarnsignatur und es gelingt, das Schiff der Hierarchie aufzuspüren. Tom Paris und Tuvok nehmen mit einem Shuttle die Verfolgung auf und greifen das Schiff an. Während des Kampfes gelingt dem Captain und dem Doktor die Flucht aus ihrer Zelle und sie können mit Hilfe des zweiten Abtrünnigen den Anführer überrumpeln.

Zurück auf der Voyager stellt sich heraus, dass der Doktor seine Matrix durch die neuen Charaktere völlig überlastet hat. Er droht sich aufzulösen und beichtet ob seines vermeintlich bevorstehenden Endes der Crew schnell noch seine Vergehen und heimlichen Wünsche. Es gelingt jedoch, die überzähligen Charaktere zu entfernen und sein Programm stabilisiert sich wieder.

Wenn man bedenkt, welches Aufsehen um die lange verzögerte Ausstrahlung dieser Episode gemacht wurde, so kann man eigentlich nur enttäuscht sein.

Das Volk der Hierarchie ist eine der eindimensionalsten und uninspiriertesten Kreationen der Serie und hat die Fähigkeit, eine Episode voller Potenzial in den Tiefen des Voyager-Durchschnitts zu versenken.

Die Idee, den Doktor in Sorge um seinen Captain stetig mehr Crewmitglieder spielen zu lassen, ist dann auch der größte Reiz dieser Folge. Zu Beginn dominiert die Spannung um das Geheimnis Janeways, jedoch wird dieses schnell gelüftet und spätestens mit der Enthüllung der Hintermänner erfährt die Handlung eine grandiose Abwertung.
Mit einem ernstzunehmenden und vor allem charakterlich ausgefeilten Gegner hätte diese Episode sich locker zu den Besten der Serie gesellen können, jedoch griff man leider zum klischeehaften Dumpfbackenvolk der Hierarchie.

Das Verhalten des Doktors auf der Voyager ist dagegen unterhaltsam, geschickte Wendungen und die Knutschszene als B'Elanna zählen zu den Highlights. Im Gegensatz dazu ist jedoch das Verhalten Janeways auf dem Hierarchie-Schiff so durchschaubar, dass man glaubt, in einer Serie der 50er oder 60er Jahre zu sein. Sie ist praktisch zu völligem Nichtstun verdammt und kann lediglich durch geschickte Kommunikation mit dem zweiten Abtrünnigen bewirken, dass dieser sich von seinem Freund zunehmend distanziert.

Die Odyssee des Doktors in verschiedenen Erscheinungsformen trägt jedoch die gesamte Episode. Dieser Handlungsstrang wird zwar durch tolle Einfälle, wie die "dreidimensionale" Überrumpelung Tuvoks weiter aufgewertet, jedoch genügt dies einfach nicht.
Die Eroberung des ach so gefährlichen Hierarchie-Schiffs wird daraufhin wieder so einfallslos inszeniert, dass man um den Abspann bettelt.

Zum Glück versöhnt die Beichtszene des Doktors gegen Ende wieder ein wenig mit den Autoren. Seine Geständnisse (u.a. seine Liebe zu Seven) sind urkomisch und lassen den Zuschauer zumindest mit einem Lächeln aus dieser Episode scheiden.

Das Volk der Hierarchie tauchte bereits in Folge 6.4 "Dame, Doktor, As, Spion" auf und spielte auch in 7.15 "Die Leere" eine Rolle.