Sternzeit: 43125,8
Die Enterprise soll in der Nähe von Kavis-Alpha IV die Explosion eines Neutronensternes beobachten, die in regelmäßigen Abständen alle 196 Jahre stattfindet. Mit an Bord ist der Experte Dr. Stubbs, der die letzten 20 Jahre seines Lebens der Vorbereitung auf diesen Augenblick gewidmet und eine Sonde konstruiert hat, die die Explosion aus unmittelbarer Nähe überwachen soll.
Als die Sonde gestartet werden soll, fallen die Stabilisatoren der Enterprise aus, und das Schiff wird in die Nähe des Neutronensternes gezogen. Erst mit einer manuellen Bedienung des Antriebs gelingt es Geordi, die Enterprise wieder in sichere Entfernung zu manövrieren. Der Grund für den Ausfall der Stabilisatoren lässt sich nicht herausfinden, da der Computer keine Fehlfunktion meldet.
Während die Crew nach den Ursachen sucht, häufen sich die Zwischenfälle, und Wesley befällt ein Verdacht: Er hatte mit Naniten, winzigen Robotern, experimentiert, die aus seiner Versuchsanordnung verschwunden sind...
Nachdem die Schiffssensoren ein Borgschiff anzeigen, das gleich darauf nicht mehr zu orten ist und sich als Illusion des Computers erweist, wendet sich Wesley an seine Mutter und berichtet ihr, was vorgefallen ist.
In einer Crewbesprechung erklärt er, dass sich die Naniten offensichtlich stark vermehrt haben und mit jeder neuen Generation dazulernen. Sie sind in den Computer der Enterprise eingedrungen und übernehmen oder behindern verschiedene Funktionen.
Data und Geordi versuchen, die Aktivitäten der Naniten durch schwache Gammastrahlung zu verringern. Dr. Stubbs, der sein Lebenswerk gefährdet sieht, beschießt den Computerkern mit starker Gammastrahlung, wodurch er viele der Naniten tötet. Die Verbliebenen rächen sich, indem sie das Lebenserhaltungssystem auf der Brücke manipulieren und Dr. Stubbs einen Stromschlag versetzen. Um den Konflikt zu beenden, soll Data versuchen, mit den Naniten zu kommunizieren, da Picard, der die Naniten als neue Intelligenz ansieht, sie nur vernichten will, wenn die Sicherheit des Schiffes und der Besatzung ernsthaft bedroht sind. Data gelingt es, Kontakt herzustellen, und er bietet an, dass die Naniten in seinen Körper eindringen und auf sein Sprachzentrum zugreifen, so dass sie ohne Probleme mit dem Rest der Crew kommunizieren können. Sie gehen auf das Angebot ein, und Picard erklärt ihnen, dass Dr. Stubbs für das Sterben im Computerkern verantwortlich ist. Stubbs entschuldigt sich bei ihnen, und sie vergeben ihm. Da ihnen die Enterprise zu wenig Lebensraum bietet, werden sie auf Kavis-Alpha IV abgesetzt, und pünktlich zur Explosion des Neutronensternes sind der Computer und die Sonde bereit.

Handlungsseitig ist "Die Macht der Naniten" eine intelligent gestrickte Episode, bei der die Besatzung wieder einmal auf eine neue Lebensform bzw. Intelligenz trifft, die diesmal durch ein Experiment unbewusst erschaffen wurde.
Mit dem Charakter "Dr. Stubbs" war erneut ein Patentekel an Bord, das egoistisch ist und Picard vorschreiben will, wie das Schiff zu führen ist und Entscheidungen zu treffen sind, weil er sein Experiment um jeden Preis durchführen will. Dieser Charakter ist relativ eintönig und langweilig.
Hingegen wird näher auf Wesley eingegangen, was sehr angenehm und gut geschildert ist.
Insgesamt eine gelungene Episode.

Diese Episode bildet den Auftakt zur dritten Staffel. Wichtige Veränderungen gegenüber der zweiten Staffel:

• Gates McFadden als Dr. Beverly Crusher ist wieder an Bord und löst damit Diana Muldaur als Doktor Pulaski ab, die nach Protesten vieler Fans gehen musste.
• Gene Roddenberry hat erstmals die Zügel nicht mehr in der Hand und wirkt nur noch selten im Hintergrund, was unter anderem Patrick Stewart entgegenkam, der fand, dass Roddenberry ihm nicht die Möglichkeit gab, die Rolle des Picard auszugestalten und mit Charakter zu füllen.
• Die Besatzung trägt neue Uniformen.
• Geordi LaForge ist zum Lieutenant Commander befördert worden.
• Michael Piller, der zu dieser Episode das Drehbuch verfasst hat, wurde zu einem der wichtigsten Storywriter, und durch ihn kamen auch Ronald D. Moore und Ira Steven Behr ins Team, die später für DS9 verantwortlich werden sollten.
• In den Shuttlehangars gibt es jetzt Kontrollräume, die vorher nicht zu den Kulissen gehörten.

Zudem werden am Rande wieder einmal die Borg erwähnt, die in "Zeitsprung mit Q" auftauchten und in "In den Händen der Borg" den Abschluss der dritten Staffel bilden werden.