Janeway, Tuvok und Torres sind als Borg auf dem Weg zum zentralen Plexus des Kubus. Dank der Modifikationen des Doktors können sie sich vom Kollektiv abschirmen und sich ihre Individualität erhalten. Die Voyager hält sich in Sensorenreichweite auf und beobachtet das angeschlagene Schiff, das sich langsam repariert.

Während sich die drei Crewmitglieder durch den Kubus zum zentralen Plexus vorarbeiten, wird Tuvok dabei permanent kurzzeitig vom Kollektiv erfasst, wodurch die Borgkönigin aufmerksam wird. Es fällt ihm immer schwerer, seine Individualität zu erhalten.

Als sie den Plexus erreichen, speisen sie sofort den Virus ein, werden daraufhin jedoch von Tuvok aufgehalten. Das Kollektiv hat nun völlige Kontrolle über ihn, und Janeway und Torres werden gefangengenommen.

Die Voyager unternimmt einen verzweifelten Rettungsversuch, wird jedoch schwer beschädigt und kann gerade noch fliehen. Gleichzeitig stellt die Königin jedoch fest, dass sie beginnt, einzelne Drohnen zu verlieren. Innerhalb von Sekunden kann sie Hunderte von Stimmen nicht mehr hören. Panisch stellt sie eine Verbindung zur gefangenen Janeway her. Als diese sich weigert, Informationen über den Virus preiszugeben, beginnt sie damit, jeden infizierten Kubus zu zerstören. Dabei werden Tausende nicht befallener Drohnen getötet. Janeway bleibt jedoch hart.

Seven of Nine ist mittlerweile dabei, in Unimatrix Zero den Verlauf der Infektion zu überprüfen. Fast alle Drohnen können sich nun an ihr reales Leben erinnern und beginnen damit, ihre Kuben zu erforschen und zu infiltrieren.

Die Borgkönigin konnte den Nanovirus inzwischen ausfindig machen, wodurch es ihr gelingen könnte, ihn zu eliminieren. In einer versteckten Botschaft teilt Janeway der Voyager-Crew mit, dass Seven die Verbindungsfrequenz von Unimatrix Zero unterbrechen soll, damit keine Verbindung mehr zwischen den infizierten Drohnen besteht.

Kurz darauf öffnet sich neben der Voyager ein Subraumkanal, aus dem ein Borg-Kubus erscheint. An Bord befindet sich der klingonische General Korok, der seine Individualität wiedererlangt und die Kontrolle übernommen hat. Er ist gekommen, um die Voyager zu unterstützen.

Während Unimatrix Zero sich langsam auflöst, startet die Voyager zusammen mit dem Borgschiff einen weiteren Befreiungsversuch. Als die Borgkönigin die baldige Niederlage ihres Kubus erkennt, initiiert sie die Selbstzerstörungssequenz. Im letzten Moment können die drei Crewmitglieder herausgebeamt werden.

Der abtrünnige Kubus unter klingonischer Führung macht sich daraufhin auf den Weg, sich mit einem weiteren Rebellenschiff zu treffen. Die Voyager nimmt wieder Kurs Richtung Erde auf.

Diese Episode ist für die Serie einmalig, da hier erstmals die Fortsetzung besser als der erste Teil ist.

Man kann sich dabei des Eindrucks nicht erwehren, dass Janeway eine verdammt böse Borgdrohne abgeben könnte. Schon ihr schauderhafter Anblick zeigt, dass die Maske ganze Arbeit geleistet hat.

Die Autoren beweisen erstaunlichen Mut, da sie hier das Borgkollektiv in seiner bekannten Struktur zwar nicht zerstört, jedoch eine interessante Variante der Weiterentwickling aufgezeigt haben. Auch wenn die grandiose Idee der Rebellion vorläufig im Sande verlaufen wird, so bleiben doch für zukünfigte Serien oder Filme ungeahnte Möglichkeiten offen. So könnte zum Beispiel die Föderation in einer Allianz mit den Borgrebellen gegen das Kollektiv vorgehen. Das würde schon Spielfilmformat erreichen, auch wenn es nur Spekulation ist.

Die finale Schlacht dieser Episode wird zwar von den meisten DS9-Zusammenstößen an Effekten überboten, jedoch ist der Kampf Borg gegen Borg ein wahrscheinlich einzigartiges Highlight der Serie.

Gleichzeitig vollbringt Seven einen weiteren Sprung in ihrer menschlichen Entwicklung, indem sie zum ersten Mal Liebe in sich aufkeimen lässt. Enttäuschend ist hier zwar, dass keinerlei Andeutungen mehr in Richtung Doktor auftreten, doch waren episodenumspannende romantische Zusammenhänge schon immer ein Schwachpunkt aller ST-Serien. So nehmen wir es eben einfach hin, dass der Doktor völlig unbeeinflusst Seven zur Auslebung ihrer Gefühle rät. Das ist eben Star Trek.

Auf jeden Fall setzt diese Folge hohe Erwartungen an die letzte Staffel der Serie.

Die Borgkönigin, hier von Susanna Thompson dargestellt, taucht erst wieder in "Endspiel Teil I" auf, wo sie von Alice Krige gespielt werden wird.