Sternzeit: 8210,3 (Jahr 2285)

Ein verwirrter McCoy

Die Enterprise kehrt mit einer Rumpfcrew zur Erde zurück. Die meisten Kadetten, die bei der letzten Mission dabei waren, wurden bereits auf andere Posten abberufen. Saavik und David sind inzwischen zum Wissenschaftsschiff U.S.S. Grissom versetzt worden, welches den neuen Planeten Genesis untersucht.

Kurz bevor die Enterprise das Raumdock erreicht, gibt es einen Sicherheitsalarm im inzwischen versiegelten Quartier von Spock. Als Kirk nachsieht, findet er einen völlig verwirrten McCoy vor.

Als die Enterprise im Raumdock ankommt, wird die Crew vom Oberbefehlshaber der Sternenflotte, Admiral Morrow, empfangen. Er lobt die Crew und schickt sie in den Landurlaub. Er befördert außerdem Scotty zum Captain der technischen Abteilung des neuen Schiffes, der U.S.S. Excelsior, die sogar über Trans-Warp verfügt. Scotty ist wenig begeistert, da er eigentlich gedacht hatte, die Umrüstung und Überholung der Enterprise überwachen zu können, doch Morrow verkündet, dass die Enterprise außer Dienst gestellt wird, da das Schiff nun bereits 20 Jahre alt ist. Kirk äußert Morrow gegenüber die Bitte mit der Enterprise zurück zum Genesis-Planeten zu fliegen, doch Morrow erklärt, dass sich Genesis inzwischen zu einer Kontroverse zwischen der Föderation und dem klingonischen Imperium entwickelt hat. Die Klingonen sehen Genesis als Waffe an und befürchten, dass die Föderation sie zur Auslöschung der Klingonen benutzt. Deswegen darf kein Schiff außer der Grissom den Genesis-Sektor anfliegen.

Auf dem Planeten Genesis

Die Grissom untersucht inzwischen die Planetenoberfläche und erhält plötzlich Lebenszeichen. Saavik und David Marcus beamen auf die Oberfläche um dies zu untersuchen. Sie finden Spocks Sarg, bedeckt mit großen Mikroben. Die Mikroben wurden von der Enterprise mit herunter geschossen und konnten aufgrund des Genesis-Effektes stark wachsen. Zu Saaviks und Davids Erstaunen finden sie Spocks Sarg leer vor. Sie erhalten ein weiteres Lebenszeichen und gehen diesem nach. Sie stoßen auf einen etwa 9 jährigen vulkanischen Jungen. David Marcus vermutet, dass sich der Genesis-Effekt auch auf Spocks Leiche ausgewirkt hat und diesen wieder verjüngt hat. Der junge Spock kann allerdings nicht sprechen. Als die Grissom die Ergebnisse ihrer Untersuchung an die Sternenflotte weitergeben will, enttarnt sich plötzlich ein klingonisches Schiff und zerstört die Grissom. Der Kommandant Kruge beamt mit 2 Männern auf die Oberfläche, um das Außenteam der Grissom gefangen zu nehmen.

Am Abend trifft sich Kirk mit seinen Offizieren Sulu, Chekov und Uhura. McCoy wurde auf der Krankenstation behandelt, doch es geht ihm schon wieder etwas besser. Er scheint nur erschöpft gewesen zu sein. Plötzlich taucht Sarek auf. Er möchte mit Kirk sprechen und macht ihm Vorwürfe, weil er Spock auf Genesis zurück gelassen hat. Sarek erklärt Kirk, dass Vulkanier vor ihrem Tod durch eine Geistesverschmelzung ihre sogenannte Katra, also alles nicht Körperliche in einen fremden Körper übertragen. Die beiden schauen sich die Aufzeichnungen des Maschinenraums kurz vor Spocks Tod an und finden heraus, dass Spock sich mit McCoys Geist verschmolzen hat, was McCoys seltsames Verhalten erklärt.

Kirks Plan

Kirk spricht daraufhin noch einmal mit Admiral Morrow und bittet ihn darum nach Genesis zurückkehren zu dürfen, doch dieser ist wenig überzeugt von Sareks Geschichte und er verweigert Kirk die Enterprise.

Inzwischen wird McCoy bei dem Versuch ein Schiff für eine Reise in den Genesis-Sektor zu chartern von der Sternenflottensicherheit entdeckt und eingesperrt.

Kirk, Sulu, Chekov, Uhura und Scotty führen inwischen ihren Plan aus, um McCoy zu befreien und die Enterprise zu kapern, um mit ihr in Richtung Genesis zu fliegen. Scotty hat dabei die Triebwerke der Excelsior sabotiert, damit diese die Enterprise nicht verfolgen kann. Auf dem Flug nach Genesis, fängt Chekov mehrere Rufe der Sternenflotte ab, in denen die Grissom gerufen wird, doch es antwortet niemand.

In der Hand der Klingonen

Inzwischen werden Saavik, David und der schnell alternde Spock von den Klingonen gefangen genommen. Kruge möchte von ihnen alles über das Genesis-Projekt wissen, erfährt jedoch nicht viel von ihnen. David muss eingestehen, dass er bei der Herstellung von Genesis einen Fehler gemacht hat, der dazu führt, dass der Planet immer instabiler wird und in wenigen Stunden auseinander fallen wird. Kruge wird auf sein Schiff gerufen, man hat die sich nähernde Enterprise entdeckt und Kruge will die Gelegenheit nutzen, das Schiff zu erobern und die Crew als Gefangene zu nehmen. Er aktiviert die Tarnung seines Schiffes und nähert sich der Enterprise.

Auf der Enterprise erkennt man auf dem Schirm eine eigenartige Turbulenz und Kirk vermutet, dass es sich dabei um ein getarntes Schiff handelt. Kirk lässt die Waffen laden und als sich das Klingonenschiff enttarnt, lässt er sofort schießen. Er trifft das Klingonenschiff schwer. Kirk lässt die Schilde hochfahren, doch das automatische System hat eine Fehlfunktion, die Schilde lassen sich nicht hochfahren. Das Klingonenschiff erwidert das Feuer und legt dabei den Automatisierungscomputer der Enterprise lahm, womit Kirk mit seiner 5 köpfigen Crew völlig hilflos ist. Kruge nimmt Kontakt mit Kirk auf und verkündet ihm, dass er Gefangene auf dem Planeten hat. Um es ihm zu beweisen, lässt er einen der Gefangenen töten.
Der Klingone auf der Oberfläche entscheidet sich dafür, Saavik zu töten, doch David greift ihn an und wird dabei vom Klingonen getötet.

Als Kruge von Kirk die Übergabe des Schiffes fordert, aktiviert Kirk mit Chekov und Scotty die Selbstzerstörung und beamt sich anschließend auf die Oberfläche von Genesis. Als die gesamte Klingonencrew bis auf Kruge und einen weiteren Mann auf die Enterprise beamt, wird sie getötet, als die Enterprise explodiert.

Kirk und die anderen begeben sich auf die Suche nach Saavik und Spock, während der Planet immer instabiler wird. Kirk und die anderen können die beiden Klingonen, die Saavik und Spock bewachen, überwältigen. Kirk nimmt mit einem klingonischen Kommunikator Kontakt zu Kruge auf und fordert ihn auf, sie hochzubeamen. Kruge beamt stattdessen runter. Er lässt alle bis auf Kirk und Spock hochbeamen und möchte von Kirk alles über Genesis wissen. Kirk verwickelt Kruge in einen Kampf und kann ihn dabei töten. Er lässt sich und Spock auf das Klingonenschiff beamen und kann den einzigen, noch übrig gebliebenen Klingonen überwältigen. Kirk lässt Kurs nach Vulkan nehmen.

Die Wiedervereinigung von Geist und Körper

Auf Vulkan angekommen, wird dort die Zeremonie durchgeführt mit der Spocks Geist welcher sich in McCoys Kopf befindet wieder in Spocks Körper transferiert wird. Die Prozedur scheint erfolgreich zu sein, auch wenn Spock zunächst noch recht verwirrt ist. Auf die Frage warum Kirk alles riskiert hat, um ihn zu retten, antwortet Kirk, dass das Wohl eines Einzelnen manchmal schwerer wiegt als das Wohl von Vielen.