Sternzeit: 8130,3 (Jahr 2285)

Der Kobayashi Maru Test

Admiral Kirk besucht an seinem Geburtstag seinen ehemaligen ersten Offizier Captain Spock, welcher inzwischen Kommandant des Trainingsschiffes Enterprise ist, auf dem Kadetten und junge Offiziere ausgebildet werden. An diesem Tag befindet Spock sich jedoch nicht auf der Enterprise. Eine seiner Schülerinnen Lieutenant Saavik muss heute den sogenannten Kobayashi Maru Test ablegen, ein Test indem Saavik in einer Simulation als Kommandantin eines Raumschiffes in eine ausweglose Situation gerät. Der Test soll untersuchen, wie die neuen Offiziere mit dem Tod fertig werden. Kirk ist der einzige Offizier der Sternenflotte, der jemals eine Lösung für den Test präsentiert hat. Auch Lieutenant Saavik verliert in der Simulation ihr Schiff an den Feind.
Nach Beenden der Simulation unterhält sich Kirk mit Spock. Spock fliegt noch am selben Tag wieder zur Enterprise, die in wenigen Tagen von Kirk inspiziert werden soll. Kirk hingegen macht sich auf, um in sein Haus in Los Angeles zu gehen.
Am Abend kommt McCoy zu Besuch. Die beiden unterhalten sich und McCoy ist der Meinung, dass Kirk dringend wieder ein eigenes Kommando braucht, da ihm die Schreibtischarbeit nicht gut tut.

Khans Rückkehr

Inzwischen sucht die U.S.S. Reliant unter dem Kommando von Captain Clark Terrell und dem ersten Offizier Commander Chekov im Auftrag der Wissenschaftlerin Dr. Carol Marcus nach einem geeigneten Planeten für das sogenannte Genesis Projekt. Die Reliant befindet sich im Orbit von Ceti Alpha VI. Da man für das Genesis-Projekt einen Planeten braucht, auf dem es nicht einmal die geringste Form von Leben geben darf, ist die Suche der Reliant nicht ganz einfach. Auf Ceti Alpha VI hat die Reliant eine schwache Anzeige von Leben erhalten. Terrell und Chekov beamen deswegen auf den Planeten um nachzusehen, um was es sich dabei handelt. Sie landen auf einem wüstenartigen Planeten, auf dem Leben kaum vorstellbar ist. Sie finden trotzdem ein altes Raumschiff, welches dort offensichtlich abgestürzt ist. Sie untersuchen das Innere des Schiffes, doch es befindet sich niemand an Bord. Chekov findet durch eine Aufschrift den Namen das Schiffes heraus. Es ist die S.S. Botany Bay. Chekov gerät daraufhin in Panik und fordert Terrell auf, das Schiff sofort wieder zu verlassen, doch als die beiden das Schiff verlassen wollen, warten bereits einige vermummte Gestalten auf sie.
Die beiden werden wieder ins Schiff gebracht und der Anführer der Bewohner des Planeten entpuppt sich als Kirks alter Widersacher Khan, der Ende des 20. Jahrhunderts genetisch aufgebessert wurde und nach gescheitertem Versuch die Macht an sich zu reißen mit der Botany Bay von der Erde floh. Khan wurde zusammen mit seinen Anhängern vor 18 Jahren von Kirk auf diesen Planeten verbannt, nachdem er versucht hatte die Enterprise zu kapern. Kurze Zeit später explodierte jedoch der Nachbarplanet Ceti Alpha VI, woraufhin sich die Umlaufbahn von Ceti Alpha V verschob und sich ein Wüstenplanet daraus entwickelte. Die Hälfte von Khans Männern inklusive seiner Frau wurde von den letzten einheimischen Lebensformen des Planeten getötet, welche ins Ohr eindringen und sich dann um das Hirn wickeln, bis man langsam und qualvoll stirbt. Khan lässt zwei kleine Exemplare der Lebensformen in Terrells und Chekovs Ohr treiben, denn dadurch werden die beiden äußerst empfänglich für Suggestionen.

Die Inspektion der Enterprise

Inzwischen treffen Kirk, McCoy, Sulu und Uhura auf der Enterprise ein, um die Inspektion durchzuführen. Scotty, noch immer Chefingenieur der Enterprise stellt dem Captain seinen Neffen vor, der zur Maschinencrew gehört. Kirk bricht die Inspektion schnell ab und lässt stattdessen einen Testflug durchführen.

Khans Pläne

Terrell und Chekov, die inzwischen vollständig unter Khans Einfluss stehen, haben Khan und seine Männer an Bord genommen. Sie haben Khan außerdem vom Genesis-Projekt erzählt. Sie fliegen nun zum Regula 1 Labor, wo Dr. Marcus an ihrem Genesis-Projekt arbeitet. Chekov erklärt Dr. Marcus in einem Funkspruch, dass sie von Admiral Kirk den Befehl erhalten haben, alle Genesis-Materialien von ihr zu übernehmen, wenn sie auf Regula 1 eintreffen. Dr. Marcus und ihr Team, zu dem auch ihr Sohn David Marcus gehört sind empört über diesen Befehl, da die Sternenflotte kein Recht hat, sich in ihr wissenschaftliches Projekt einzumischen, geschweige denn alle Materialien an sich zu nehmen. Dr. Marcus nimmt Kontakt mit Kirk auf, um sich den Befehl bestätigen zu lassen. Khan versucht auf der Reliant unterdessen die Kontaktaufnahme mit der Enterprise zu verhindern, indem er ein Störsignal sendet.

Uhura empfängt Marcus' Funkspruch trotzdem, allerdings ist er stark gestört, und Kirk der den Funkspruch entgegen nimmt, versteht kaum etwas. Kirk erfährt lediglich soviel, dass irgendjemand die Genesis Daten abholen will. Kirk erhält von der Sternenflotte den Auftrag den Fall zu untersuchen, da sich kein anderes Schiff in der Nähe befindet. Kirk spricht sich mit Spock ab, der freiwillig auf das Kommando der Enterprise verzichtet und es Kirk überlässt. Die Enterprise nimmt Kurs auf Regula 1. Bei Carol Marcus handelt es sich um eine alte Jugendliebe von Kirk.

Genesis

Kirk klärt Spock und McCoy über das geheime Projekt Genesis auf. Dabei handelt es sich um ein Forschungsprojekt, mit dem man aus unbewohnbaren Monden oder Planeten, mittels wissenschaftlicher Umformung bewohnbare Planeten machen könnte, wenn sich das Projekt als erfolgreich erweist. Dazu wird die Genesis-Sonde auf eine Planetenoberfläche geschossen. Die Sonde löst daraufhin verschiedene Reaktionen in der Planetenkruste aus, um Leben zu ermöglichen. Wird die Genesis-Sonde dort eingesetzt, wo bereits Leben existiert, wird dort alles vernichtet. Genesis kann deswegen als schreckliche Waffe missbraucht werden.

Khans Rache

Die Enterprise trifft auf dem Weg nach Regula 1 auf die Reliant. Da es sich um ein Sternenflottenschiff handelt, fährt Kirk nicht die Schilde aus. Erst als die Reliant die Schilde hochfährt und die Enterprise mit den Phasern erfasst, befiehlt Kirk die Schilde hochzufahren, doch da ist es bereits zu spät. Die Enterprise erfährt durch Khans Beschuss größere Schäden und man hat zu wenig Energie um mit den Phasern die Schilde der Reliant zu durchbrechen. Nun meldet sich Khan und möchte mit Kirk die Kapitulation verhandeln. Khan will sich an Kirk rächen, doch er sieht davon ab, die ganze Enterprise zu zerstören, wenn sich Kirk ihm ausliefert und ihm außerdem alle Informationen über das Genesis-Projekt gibt. Kirk tut so, als würde er auf den Deal eingehen und die Genesis-Informationen über den Computer abfragen. In Wirklichkeit lässt er Saavik die Leitziffer der Reliant abrufen, mit der es möglich ist auf die Systeme der Reliant zuzugreifen. Kirk gelingt es damit, die Schilde der Reliant runterzufahren und lässt nun einige Phaserschüsse abfeuern. Die Reliant wird stark beschädigt und Khan zieht sich fürs Erste zurück. Die Enterprise nimmt wieder Kurs auf die Regula-Station auf. Inzwischen wird der Schaden auf der Enterprise inspiziert. Scottys Neffe Peter Preston stirbt auf der Krankenstation. McCoy konnte nichts gegen seine Verletzungen tun.

Regula 1

Als die Enterprise auf Regula 1 eintrifft, beamen Kirk, McCoy und Saavik in das Labor, während Spock mit den Reparaturen beginnt. Im Labor finden sie das wissenschaftliche Team ermordet vor, allerdings ist Dr. Carol Marcus verschwunden. Dafür findet das Außenteam Captain Terrell und Chekov eingesperrt vor. Die beiden können berichten, dass Khan die Genesis-Daten gesucht hat, als er auf Regula 1 eintraf. Er fand sie jedoch nicht, die Datenbanken des Labors waren vollkommen leer. Daraufhin wurde er wütend und folterte das Personal und brachte sie schließlich um. Terrell kann außerdem berichten, dass die Crew der Reliant von Khan auf Ceti Alpha V ausgesetzt wurde.
Kirk kommt auf die Idee, dass Carol Marcus vielleicht mit dem Transporter geflohen ist. Tatsächlich sind im Transporter noch Koordinaten unter der Oberfläche des Regula Planeten eingestellt. Bevor Kirk und sein Team mit dem Transporter zu den Koordinaten beamen, holt Kirk von Spock die neueste Schadensmeldung. Dieser kann berichten, dass die Enterprise für mehrere Tage keine Hauptenergie haben wird und damit quasi hilflos ist. Daraufhin gibt Kirk Spock den Befehl zu verschwinden, wenn man nach einer Stunde nichts vom Außenteam gehört hat.

In der Genesis-Höhle

Kirk und sein Team begeben sich daraufhin mit dem Transporter zu den angegebenen Koordinaten. Sie landen in einer unterirdischen Höhle, wo sie auch die Genesis-Sonde vorfinden. Carols Marcus' Team hatte vor Khans Eintreffen offenbar alle Daten in die Sonde einprogrammiert, um so mit allen gesammelten Daten in diese Höhle fliehen zu können. Plötzlich wird das Außenteam von zwei Mitgliedern des Wissenschaftsteams angegriffen, die Kirk jedoch überwältigen kann. Kurze Zeit später taucht Carol Marcus auf. Sie stellt Kirk ihrem Sohn David vor. David ist davon überzeugt, dass Kirk es war, der alle Mitglieder des Wissenschaftsteams umgebracht hat, doch Carol Marcus weiß, dass dies nicht stimmt. Plötzlich bedrohen Terrell und Chekov die anderen mit Phasern, offenbar stehen sie noch immer unter Khans Einfluss und handeln nun in seinem Auftrag. Terrell kontaktiert Khan und gibt ihm die Koordinaten der Genesis-Sonde. Khan beamt diese auf die Reliant und befiehlt Terrell daraufhin Kirk zu töten. Terrell gerät in einen Konflikt zwischen der Loyalität der Sternenflotte gegenüber und Khans Auftrag. Damit wird er nicht fertig. Er tötet sich selbst mit seinem Phaser. Chekov bricht daraufhin zusammen und die fremde Kreatur von Ceti Alpha V verlässt Chekovs Ohr wieder. Kirk tötet die Kreatur.

Lieutenant Saavik versucht Kontakt mit der Enterprise aufzunehmen, doch niemand antwortet. Während David Marcus McCoy und Saavik die Ergebnisse des Genesis Projektes zeigt, unterhalten sich Kirk und Carol Marcus. Carol bestätigt Kirks Verdacht, dass es sich bei David um seinen Sohn handelt. Carol Marcus zeigt nun auch Kirk die Ergebnisse ihrer Forschung. Regula 1 ist der erste Planet, auf dem das Genesis-Projekt angewendet wurde. In der Höhle hat sich bereits Genesis' Wirkung gezeigt. Es hat sich dort eine Vegetation ausgebildet. Während Kirk und sein Team darauf warten, etwas von der Enterprise zu hören, fragt Saavik den Admiral nach seiner Lösung beim Kobayashi Maru Test. Er gesteht, dass er damals einfach die Simulation so umprogrammierte, dass er die Schlacht gewinnen konnte. Saavik ist der Meinung, dass sich Kirk nie dem Tod gestellt hat.
Kurze Zeit später nimmt Kirk Kontakt mit der Enterprise auf und Spock beamt das Team hoch. Kirk und Spock erklären der verwirrten Saavik, dass Spock dem Admiral bei seiner letzten Schadensmeldung zu verstehen gab, dass er beim Ausmaß des Schadens stark übertrieben hat, da er davon ausging, dass Khan mithört.

Die Entscheidung im Mutara-Nebel

Khan, der tatsächlich mitgehört hat, versteht unterdessen nicht, wie ihm die Enterprise entkommen konnte.

Die Enterprise flüchtet unter Kirks Kommando in den Mutara-Nebel, da die Reliant immer noch schneller ist und größere Feuerkraft besitzt. Der Nebel beeinträchtigt allerdings die Schiffssysteme, weder die Schirme noch die Bildanzeige funktionieren im Nebel korrekt. Chekov geht es inzwischen wieder besser und er nimmt seinen Dienst wieder auf. Als Khan die Enterprise wieder aufspürt, folgt er ihr in den Mutara-Nebel. Im Nebel kommt es zum Gefecht zwischen der Enterprise und der Reliant, bei dem Kirk seine größere Erfahrung als Kommandant ausnutzen kann, um die Reliant vernichtend zu schlagen. Als Kirk Khans Kapitulation fordert, aktiviert Khan die Genesis-Sonde. David Marcus erklärt Kirk, dass der Zünder auf 4 Minuten eingestellt war und die Druckwelle der Detonation von Genesis alles Leben in einem großen Umkreis zerstören wird. Die Enterprise kann nur mit Warpgeschwindigkeit entkommen. Scotty sieht jedoch keine Möglichkeit den Warpantrieb in so kurzer Zeit wieder in Gang zu bringen.

Spocks Opfer

Spock verlässt die Brücke und will im Maschinenraum den Warpantrieb von Hand reparieren. McCoy hält ihn auf, da die Strahlung Spock töten würde, doch Spock überwältigt McCoy mit seinem Nackengriff und macht sich an die Reparatur. Kurz vor der Detonation von Genesis aktiviert Spock den Warpantrieb und die Enterprise entkommt. Spocks Körper war jedoch zu lange der Strahlung des Warpantriebs ausgesetzt, er stirbt. Im Maschinenraum nimmt Kirk Abschied von seinem Freund.

Spocks Leiche wird in einem Torpedogehäuse auf den Genesis-Planeten geschossen. Während die Enterprise zuerst nach Ceti Alpha V fliegt um die Crew der Reliant aufzunehmen und dann ins Raumdock zurückkehrt, entschuldigt sich David Marcus bei seinem Vater für seine falschen Beschuldigungen.