Ein fremdes Objekt nimmt Kurs auf die Erde

Die Klingonen kämpfen in ihrem Raumsektor gegen eine gigantische Wolke, die sich durch ihr Gebiet direkt auf die Erde zubewegt. Die Klingonen verlieren dabei drei Schiffe, wobei ihre Waffen dem Feind nichts anhaben können.

Die Föderation beobachtet den unveränderten Kurs der Wolke, und als das Objekt in den Föderationsraum eindringt, wird das Hauptquartier informiert. Das Hauptquartier gibt der gerade 18 Monate überholten und umgebauten Enterprise, die jetzt unter dem Befehl von Captain Willard Decker steht, den Befehl, den Eindringling abzufangen. Während die Enterprise ihren 12 stündigen Countdown zum Start beginnt, trifft Admiral Kirk auf der Erde ein und reißt das Kommando über sein früheres Schiff an sich. Decker wird daraufhin zum Commander und ersten Offizier degradiert.

Kirks Schiff stellt sich alles andere als einsatzbereit heraus. Bei einem Transporterunfall kommt der Wissenschaftsoffizier ums Leben und auch sonst funktioniert relativ wenig. Immerhin kann Kirk mit Ausnahme von Spock seine alte Crew wieder zusammenstellen.

Inzwischen nimmt Spock auf Vulkan an der Kolinahr Zermonie teil, die einen Vulkanier von allen restlichen Emotionen befreit. Doch als die Zermonie sich dem Ende entgegen neigt, bekommt Spock telepathischen Kontakt zu der fremden Wolke und er bricht die Zeremonie ab.

Die Enterprise verlässt unterdessen das Raumdock, wird jedoch bei dem Versuch auf Warpantrieb zu gehen fast zerstört. Scotty muss den Warpantrieb erst noch reparieren, bevor man die Wolke abfangen kann. Spock trifft inzwischen mit einem kleinen Raumgleiter ein, um die Crew der Enterprise zu unterstützen. Mit seiner Hilfe kann man den Warpantrieb schnell wieder herstellen.

Kontakt zum fremden Objekt

Als man auf die Wolke trifft stellt man fest, dass die Sonde Signale gesendet hat, die bisher jedoch niemand entschlüsseln konnte. Spock programmiert den Computer und kann der Sonde im Innern der Wolke somit antworten und ihr klar machen, dass die Enterprise in friedlicher Absicht kommt. Daraufhin wird ein Angriff auf die Enterprise von der Sonde abgebrochen.

Die Enterprise dringt weiter in die Wolke vor, während diese nach wie vor Kurs auf die Erde hat.

Die Navigatorin Lt. Ilia wird von der Sonde, die sich selbst V'ger nennt, entführt und ausgelöscht. V'ger schickt eine mechanische Kopie von Lt. Ilia zurück, damit diese als Sprachrohr dient und die Funktionen der Enterprise erforscht.

Spock unternimmt inzwischen einen eigenmächtigen Versuch sich mit V'ger zu verschmelzen, was ihm auch gelingt. Er erfährt dabei, dass V'ger auf der Suche nach seinem Schöpfer ist und diesen auf der Erde vermutet. Er möchte dabei die Erde von allen Kohlenstoffeinheiten, also Menschen säubern, da er diese für eine Infektion hält.

Eine neue Form des Lebens entsteht

Nach einigen Mühen können Kirk, Spock, McCoy, Decker und die Ilia-Sonde ins Zentrum von V'ger vordringen. Wie sich herausstellt, handelt es sich bei V'ger um die NASA Sonde Voyager 6, die ins All geschickt wurde, um Informationen zu sammeln und diese an die Erde zurückzusenden. Voyager 6 flog bei seiner Reise durch ein schwarzes Loch und trat offenbar auf der anderen Seite der Galaxie wieder aus und wurde dort von einem Maschinenplaneten modifiziert, weiterentwickelt und wieder zur Erde zurückgeschickt. Nun will V'ger seine Informationen übertragen, doch die Sonde hat den Irrtum begangen zu glauben, dass es sich bei seinem Schöpfer um eine Maschine handelt. V'ger muss nun feststellen, dass es noch nicht alle Informationen gesammelt hat. Bei all dem gesammelten Wissen, weiß die Sonde immer noch nicht, was das Leben ist. V'ger will sich nun also durch die Ilia-Sonde mit einem Menschen vereinen. Decker vereint sich mit der Ilia-Sonde, um die Enterprise und die Erde zu retten. V'ger steigt dabei zu einer höheren Form des Seins auf. Die Gefahr ist damit gebannt und die Enterprise kann nun zu neuen Abenteuern fliegen. Kirk lässt Decker und Ilia als vermisst ins Logbuch eintragen.